En primer lugar, debe tener en cuenta que la denominación CIF (Código de Identificación Fiscal) no es válida en la actualidad, ya que fue derogada en 2008 por el Real Decreto 1065/2007, de 27 de julio de 2007, que define el uso de la denominación NIF (Número de Identificación Fiscal) también para las personas jurídicas.
Si a pesar de ello desea que aparezca CIF en las facturas (o cualquier otra denominación), bajo su responsabilidad, puede modificar este parámetro a través del menú Utilidades > Configuración, en la pestaña Facturación > Otros.