La versió actual de WinOmega disposa d'enllaç amb els següents programes de comptabilitat:
Per a més detalls, vegeu les respectives pàgines d'ajuda enllaçades des d'aquest article.
Nota: Algunes funcions del programa, tals com l’exportació a programes externs de comptabilitat, o la integració amb el Subministrament Immediat d’Informació (SII), no estan incloses amb el paquet bàsic, podent el client contractar-les per separat.