De vegades Windows mostra un missatge advertint que l'instal·lador de WinOmega "no és de confiança" o que es tracta d'una "aplicació desconeguda". Podent aparèixer missatges com el següent:
També us pot advertir que WinOmega «no es descarrega habitualment», instant-vos a que us assegureu que hi confieu.
Aquestes afirmacions per part de Windows no tenen cap fonament. La nostra web està autenticada amb tecnologia SSL, usant claus de 4096 bits, que són àmpliament considerades segures a Internet. Sempre que hàgiu descarregat WinOmega mitjançant un enllaç HTTPS, l'aplicació no és desconeguda ja que prové de www.winomega.com, ni tampoc hi ha cap raó per desconfiar-ne.
Per seguir amb la instal·lació, només cal que seleccioneu l'opció d'Executar (que sovint està amagada després del menú de Més informació).